6.2 Organismos eucarióticos.

En el caso de las eucariotas, el proceso se realiza en el nucleo, y es similar al de las procariotas, pero de mayor complejidad. Diferentes ARNp transcriben distintos tipos de genes. La ARNpII transcribe los pre-ARNm, mientras que la ARNpI y ARNpIII transcriben los ARN-ribosomales y ARNt, respectivamente. Los ARNs transcritos son modificados posteriormente. El pre-ARNm,por ejemplo, sufre un proceso de maduración que tras cortes y empalmes sucesivos elimina ciertos segmentos del ADN llamados los intrones para producir el ARNm final. Durante este proceso de maduración se puede dar lugar a diferentes moléculas de ARN, en función de diversos reguladores. Así pues, un mismo gen o secuencia de ADN, puede dar lugar a diferentes moléculas de ARNm y por tanto, producir diferentes proteínas. Otro factor de regulación propio de las células eucariotas son los conocidos potenciadores (en inglés: "enhancers"), que incrementan mucho (100 veces) la actividad de transcripción de un gen, y no depende de la ubicación de éstos en el gen, ni la dirección de la lectura.

Ya se ha mencionado que, en las células del tipo Eucariota, encontramos tres tipos de ARN polimerasa las cuales se denominan: ARN polimerasa I, ARN polimerasa II  y ARN polimerasa III. Sus composiciones en sub unidades son complejas y aun no se conoce en exactitud la función de cada una de estas sub unidades. Lo que sí se conoce con exactitud, es la localización y el producto de cada una de ellas. 

La localización intracelular también va a ser específica: en una célula eucariota, por ejemplo un fibroblasto, encontramos aproximadamente 6 pg de DNA que corresponde a su material genético. En cambio, encontramos 25 pg de RNA, de los que 3-4 pg están localizados en el núcleo y el resto en el citoplasma. Todos los transcritos primarios y algunos de los maduros (por ejemplo los snRNA, véase más adelante) se encuentran en el núcleo, mientras que en el citoplasma sólo se encontrarán formas maduras de la mayoría de los transcritos. De los que se encuentran en el núcleo, los pre-rRNA se encuentran en el nucléolo y los demás en el nucleoplasma.